Die Stiftungsversammlung ist das oberste Organ von proparis. Mitglieder der Stiftungsversammlung sind die Delegierten der angeschlossenen Vorsorgewerke. Die Stiftungsversammlung ist paritätisch zusammengesetzt und wird vom Stiftungsratspräsidenten geführt.

Der Stiftungsrat von proparis umfasst 16 Mitglieder und ist paritätisch zusammengesetzt. Der Stiftungsrat wird von der Stiftungsversammlung gewählt. Je ein Vertreter von Arbeitgebern und Arbeitnehmern bilden das Präsidium. Dabei wechselt das Präsidium alle vier Jahre zwischen den Sozialpartnern. Der Stiftungsrat bestimmt die Mitglieder im Stiftungsrats- und im Anlageausschuss.

Die Versicherungskommission ist zuständig für die versicherungstechnischen Fragen ihres Vorsorgewerkes. Die Kommission setzte sich aus mindestens vier Mitgliedern zusammen, wobei Arbeitnehmer und Arbeitgeber die gleiche Zahl von Vertretern entsenden.

Die Stiftung proparis ist eng mit dem Schweizer Gewerbe verbunden. Über fünfzig Berufsverbände sind der Stiftung angeschlossen.

Die Geschäftsstelle proparis führt die operativen Geschäfte der Vorsorge-Stiftung. Die Geschäftsstelle ist erster Ansprechpartner für die angeschlossenen Vorsorgewerke und deren Durchführungsstellen und für externe Partner (Aufsichtsbehörde, Versicherer, Banken etc.).

Die Durchführungsstellen sind zuständig für die administrative Abwicklung der Vorsorgelösungen der angeschlossenen Vorsorgewerke und Verbände.